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前言一、UCSF DOCK简介二、安装 DOCK 6.110. 解压缩和设置环境变量1. 不涉及RDKit的一般安装串行版：并行版：
2. 安装DOCK RDKit功能串行版：并行版：
3. rdkit Release_2019_09_1安装1. 安装MPICH2. 安装boost3. 下载eigen4. 安装RDKit5. 安装Delphi
总结参考资料
前言
在之前的博文中介绍了DOCK 6.9的安装及使用方法，该版本是2018年的更新版。
2023年更新的UCSF DOCK 6.11版本增加了新功能，可以使用RDKit描述符及基于描述符的全新分子设计（descriptor-driven de novo design），本文介绍 了DOCK 6.11在本地的安装，为分子对接和高通量虚拟筛选做准备。
一、UCSF DOCK简介
UCSF DOCK是一种用于分子对接和虚拟筛选的计算软件套件。主程序由C++编写，附加程序由C语言和Fortran 77编写，可以运行在Linux和macOS等类Unix操作系统；Windows用户需要使用Cygwin等类Unix环境模拟软件。 由加州大学旧金山分校的Brian K. Shoichet实验室开发，作为最早出现的开源分子对接程序，于2002年首次公开发布。
UCSF DOCK主要目标是根据小分子与蛋白质的结合亲和力进行分子对接，通过计算和评估大量的小分子构象和结合自由能来预测小分子与蛋白质的结合模式。也可以处理小分子-核酸，蛋白-蛋白，蛋白-核酸等体系。UCSF DOCK可以用于虚拟筛选，从大量的化合物库中挑选出具有潜在药物活性的化合物。
DOCK学术用户可以通过注册免费获取相应版本的源代码。dock_license
二、安装 DOCK 6.11
安装环境：Ubuntu 22.04, gcc 11.4.0， cmake 3.22.1，Python 3.10.12 DOCK/install文件夹提供了DOCK不同的计算模式。安装产生可执行文件，位于 dock6/bin/ 目录下，将其路径加入到$PATH即可使用。
dock6.rdkit与dock6.rdkit_mpi是DOCK 6.11新功能，本文介绍如下4个安装版本的安装过程。
0. 解压缩和设置环境变量
tar -zxvf dock.6.11_source.tar.gz
解压缩得到dock6文件，置于程序安装目录，比如 path/to/dock6
在环境变量中加入以下，并生效：
# DOCK 6.11
export DOCKHOME=path/to/dock6
export PATH=$DOCKHOME/bin
1. 不涉及RDKit的一般安装
可参考前篇博文：分子对接软件UCSF DOCK的新功能介绍及安装
串行版：
（结果在bin文件夹中生成dock6）
cd install
make distclean
./configure gnu
make dock
make test
并行版：
（结果在bin文件夹中生成dock6.mpi）
cd install
make distclean
./configure gnu.parallel
make dock
make test
2. 安装DOCK RDKit功能
要使用RDKit功能，机器上需要有安装RDKit；RDKit安装设置完之后，执行以下即可安装DOCK 6.11的 RDKit功能。
串行版：
（结果在bin文件夹中生成dock6.rdkit）
cd install
make distclean
./configure gnu.rdkit
make dock
make test
并行版：
（结果在bin文件夹中生成dock6.rdkit_mpi）
cd install
make distclean
./configure gnu.parallel.rdkit
make dock
make test
test全部通过，有一些是具有细微误差的测试结果，属于正常情况。
NOTE 1: 遇到的问题： make test 如果遇到Error from amberize_ligand; the name of the ligand is...而终止，可能由于系统安装了Amber，事先设置了AMBERHOME，与DOCK的AMBERHOME变量冲突。 **解决方法：unset AMBERHOME； make test
3. rdkit Release_2019_09_1安装
该版本RDKit安装配置主要是设置好boost版本和处理bug，安装MPICH，eigen，Delphi。
1. 安装MPICH
参考：Linux系统MPI library之MPICH的安装及使用 安装后在环境变量设置时加入MPI_HOME：
# 在.bashrc中添加
export PATH=/path/to/mpich-4.2.0/bin:$PATH
export MPI_HOME=/path/to/mpich-4.2.0
2. 安装boost
下载boost，可在官网或者github ：https://github.com/boosorg/boost，这里安装的是最新版。
wget https://boostorg.jfrog.io/artifactory/main/release/1.67.0/source/boost_1_67_0.tar.gz
tar -zxvf boost_1_67_0.tar.bz2
cd boost_1_67_0
./bootstrap.sh --prefix=path/to/boost-1.67.0 --with-libraries=python,serialization
./b2 install --prefix=path/to/boost-1.67.0
##在.bashrc中添加以下：
export BOOST=path/to/boost-1.67.0
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$BOOST/lib
export LIBRARY_PATH=$LIBRARY_PATH:$BOOST/lib
export C_INCLUDE_PATH=$C_INCLUDE_PATH:$BOOST/include
export CPLUS_INCLUDE_PATH=$CPLUS_INCLUDE_PATH:$BOOST/include
source ~/.bashrc
sudo ldconfig
3. 下载eigen
下载eigen，3D描述符会用到，放到$RDBASE目录下。
wget https://gitlab.com/libeigen/eigen/-/archive/3.3.9/eigen-3.3.9.tar.gz
tar -zxvf eigen-3.3.9.tar.gz
4. 安装RDKit
安装RDKit Release 2019.09.1版本，可参考说明文档： https://rdkit.readthedocs.io/en/latest/Install.html
NOTE 1: 遇到的问题： cmake中遇到catch.hpp相关的bug，主要是catch2版本造成的 解决方法： 下载rdkit-Release_2022_03_1版本源码，找到External/catch/CMakeLists.txt，替换现有版本的相应文件，即将catch升级到v2.13.8，问题即可解决。
export RDBASE=path/to/install/rdkit
wget -c -nv https://github.com/rdkit/rdkit/archive/Release_2019_09_1.tar.gz
mv Release_2019_09_1.tar.gz rdkit-Release_2019_09_1.tar.gz
cd rdkit-Release_2019_09_1
rm -rf build && mkdir build && cd build
cmake .. -DRDK_INSTALL_INTREE=OFF \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$RDBASE/rdkit-Release_2019_09_1 \
-DPYTHON_EXECUTABLE:FILEPATH=$(which python) \
-DBOOST_ROOT=$BOOST \
-DBoost_INCLUDE_DIR=$BOOST/include \
-DBoost_LIBRARY_DIR=$BOOST/lib \
-DEIGEN3_INCLUDE_DIR=$RDBASE/eigen-3.3.9 \
-DBoost_NO_SYSTEM_PATHS=ON \
-DRDK_BUILD_PYTHON_WRAPPERS=OFF \
-DRDK_BUILD_INCHI_SUPPORT=ON \
-DRDK_BUILD_AVALON_SUPPORT=ON \
-DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT=ON \
-DBoost_USE_STATIC_LIBS=OFF
make -j 8
make install
为使用DOCK，添加环境变量：
export RDBASE=path/to/install/rdkit
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$BOOST/lib:$RDBASE/rdkit-Release_2019_09_1/lib
安装测试，114项应该全部
cd $RDBASE/build
ctest
5. 安装Delphi
学术注册，获得Delphi。
wget http://compbio.clemson.edu/media/releasefiles/Delphicpp_v8.5.0_Linux.tar.gz
tar -xzvf ./Delphicpp_v8.5.0_Linux.tar.gz
cd Delphicpp_v8.5.0_Linux/Release
## 编译单线程：
make
## 得到可执行程序：delphicpp_release
## 编译OpenMP版本，将src/interface/environment.h 中的"//#define PARALLEL_OMP"注释去掉，即去掉双斜杠'//'
## 然后:
cd ./Release_omp
make
## 得到: delphicpp_omp_release
需要把DELPHI_PATH指向delphi可执行程序，将用于chemgrid_generation，chemgrid_score和solvgrid_generation的计算，可将以下加入环境变量：
export DELPHI_PATH=/your/path/to/delphicpp_omp_release
总结
UCSF DOCK 6.11版本是当前新版本，可以使用RDKit描述符，开展基于分子描述符的全新药物设计。 本文介绍 了DOCK 6.11在本地的安装，为分子对接和高通量虚拟筛选做准备。 后续将介绍UCSF使用案例及体验，欢迎感兴趣的朋友关注及留言讨论。
参考资料
https://blog.csdn.net/weixin_40192882/article/details/136002725https://rdkit.readthedocs.io/en/latest/Install.htmlhttps://github.com/boosorg/boosthttp://compbio.clemson.edu/lab/delphi_credentials/
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